Responsável: Pedro Edson Moreira Guimarães (Projeto de Mestrado)
Supervisão: Emmanuel Dias Neto
Apoio: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)
SNPs ou polimorfismos de nucleotídeo único são as variações mais comuns do genoma humano. Na sua maioria estas variações são inertes, mas em alguns casos podem levar a uma série de alterações moleculares que, em última instância, podem modificar a atividade biológica da proteína codificada.
Aparentemente, a maior parte do genoma humano é não-codificante e a pressão seletiva sobre estas áreas deve ser menor, de maneira que alterações nestes segmentos, em geral, são menos danosas ao organismo. Sendo assim, a maioria dos polimorfismos causais, associados a patologias, está presente dentro das regiões codificadoras dos genes ou bem próximas a estas.
Como a maioria das ESTs disponíveis no GenBank é derivada das extremidades dos genes humanos, a técnica ORESTES, desenvolvida por nosso grupo e usada como a base da geração de seqüências do Projeto Genoma do Câncer Humano FAPESP/Ludwig (HCGP) e do Projeto Genoma de Schistosoma mansoni FAPESP/MCT (PGSM), tem uma vantagem para o encontro de SNPs relevantes, uma vez que a maioria das seqüências produzidas são derivadas da região central dos genes.
Neste projeto, nos propomos a identificar novos SNPs sugeridos a partir dos dados gerados pelo uso da técnica ORESTES, com foco principal em SNPs não sinônimos, buscando eventuais associações com questões de relevância médica. Para o encontro de SNPs humanos, colaboramos com o grupo do Dr. Marco Antonio Zago (Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto) na criação de uma rotina de bioinformática especificamente trabalhada para a busca de SNPs a partir das ORESTES derivadas do HCGP. A partir de 167.194 ORESTES similares a genes humanos conhecidos, foram identificados 2.845 SNPs dos quais 275 passaram por nossos filtros. A partir deste ultimo conjunto, 22 polimorfismos foram selecionados para os experimentos de validação em amostras populacionais sendo que 13 deles (60%) foram confirmados.
Já em S. mansoni contamos com o auxílio das equipes de bioinformática do Projeto Genoma de Schistosoma mansoni na busca de polimorfismos em genes específicos, candidatos ao desenvolvimento de vacinas contra o parasita, tendo sido possível identificar a existência de SNPs não sinônimos em todos os genes candidatos à vacina pela OMS. Para os genes GST28, 14-3-3 e TPI, foram realizados experimentos de validação e dois polimorfismos foram confirmados (em GST28 e em TPI) sendo estes os primeiros SNPs identificados para este organismo. A partir dos dados gerados podemos concluir que ORESTES é uma valiosa fonte para o encontro de SNPs não sinônimos.
